Награды
Награждён Медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, Медалью «300 лет Российскому флоту», Почётным знаком Государственной Думы ФС РФ «За заслуги в развитии парламентаризма» и другими ведомственными наградами. За восстановление православных храмов награждён Орденом Русской Православной Церкви Святого Благоверного Князя Даниила Московского III степени, Орденом Русской Православной Церкви Преподобного Сергия Радонежского III степени, Орденом Русской Православной Церкви преподобного Серафима Саровского третьей степени.

13 июля 2017 года награждён Орденом Дружбы по Указу Президента России В. В. Путина от 18.05.2017 за успешную подготовку спортсменов, добившихся высоких спортивных достижений на Играх XXXI Олимпиады 2016 года в городе Рио-де-Жанейро (Бразилия).

17 июля 2018 года С. Н. Шишкарёву присвоено звание «Почётный гражданин муниципального образования город Новороссийск» решением Городской Думы муниципального образования город Новороссийск № 317.

1 июля 2022 года награждён Орденом Почета за обеспечение успешной подготовки спортсменов, добившихся высоких достижений на ХХХII летних Олимпийских играх и ХVI Паралимпийских летних играх в Токио.