13 июля 2017 года награждён Орденом Дружбы по Указу Президента России В. В. Путина от 18.05.2017 за успешную подготовку спортсменов, добившихся высоких спортивных достижений на Играх XXXI Олимпиады 2016 года в городе Рио-де-Жанейро (Бразилия).
17 июля 2018 года С. Н. Шишкарёву присвоено звание «Почётный гражданин муниципального образования город Новороссийск» решением Городской Думы муниципального образования город Новороссийск № 317.
1 июля 2022 года награждён Орденом Почета за обеспечение успешной подготовки спортсменов, добившихся высоких достижений на ХХХII летних Олимпийских играх и ХVI Паралимпийских летних играх в Токио.